Erst im Jahr 1846 ist von einer Orgel die Rede. Der Orgelbauer Gottlieb Heise aus Potsdam baute für die Dorfkirche ein kleines Orgelpositiv ohne Pedal. Sie stand über 50 Jahre lang im Chorraum der Kirche, denn Emporen gab es damals noch nicht. 1890 erhielt die Orgelbaufirma Gebr. Dinse (Berlin SO) den Auftrag, auf der Südseite der Westempore ein pneumatisches Werk zu bauen. (Pneumatische Traktur: Das Tastenventil wird mit dem Pfeifenventil über eine Bleiröhre verbunden, in der Druckluft erzeugt wird, sodass es zur Tonerzeugung kommt.) Schon im Jahr 1908 ließ diese Orgelkonstruktion zu wünschen übrig, doch Wilhelm Sauer aus Frankfurt/Oder (z.B. Berliner Dom und damals Kaiser-Wilhelm-Gedächtniskirche) lehnte einen Orgelneubau ab. Er hatte damals bereits Weltruf. So erhielt die Orgelbaufirma Grüneberg/Stettin den Auftrag für eine 17-stimmige Orgel. Auch hier war wegen „schleppender Pneumatik“ nur wenig Orgelliteratur darstellbar.
Im Zuge der Orgelbewegung baute 1957 die Berliner Orgelbauwerkstatt Karl Schuke eine neobarocke Orgel (opus 49) mit zwei Manualen und Pedal ebenfalls auf der Südseite der Westempore. Sie erhielt 18 klingende Register. Eine Besonderheit dieser Orgel ist, dass die Mixtur (Klangkrone) nicht im Hauptwerk, sondern im Rückpositiv verbaut ist, während im Hauptwerk das krönende Register Scharff 3-4fach steht, das normalerweise im Rückpositiv (hinter dem Spieler) klingen könnte. Außerdem stehen die Pfeifen in einem Schwellkasten. Auf diese Weise erscheint das Hauptwerk mit Schweller dem Spieler und Zuhörer als „Nebenwerk“, während die strahlende Mixtur dem Rückpositiv die Hauptwerksfunktion gibt. Dadurch kommt es zu einem „Rollentausch“ beider Werke. 1987 erhielt das Rückpositiv ein sog. „Schleierwerk“ (Zierbretter über den Pfeifen des Rückpositivs).
Hauptwerk (HW) C-g3: Gedackt 8´ - Violföte 4´ - Prinzipal 2´ - Quinte 1 1/3´ - Sifflöte 1´ - Rohrschalmei 8´ (Lingualregister) - Scharff 3-4fach - Tremulant / Rückpositiv (RP) C-g3: Koppelflöte 8´ - Prinzipal 4´ - Rohrflöte 4´ - Sesquialtera 2fach - Waldflöte 2´ - Trompete 8´ (Lingualregister) - Mixtur 4-6fach - Tremulant / Pedal (P) C-f 1: Subbass 16´ - Gedackt 8´ - Pommer 4´ - Bauernflöte 4´/ Koppeln: I-II,II-P, I-P, Schwellkasten
Die Orgel der Martin-Luther-Gedächtniskirche, ein Neubau der Firma E. F. Walcker & Cie. entstand 1935. Die Gemeinde, zu der sich auch Jochen Klepper bis zu seinem Tod 1942 hielt, wusste nicht, dass diese Orgel unter den Händen von Günther Ramin (Thomaskantor in Leipzig, deutsche Orgelbewegung) die Bekanntmachung der Rassengesetze in Nürnberg beim Nürnberger Reichsparteitag am 15. September 1935 begleitete. Sie erhielt in Nürnberg 60 Stimmen, wurde am 3. Oktober mit 50 Registern in Berlin-Mariendorf aufgestellt und fertig intoniert. In den 50er Jahren wurde das Instrument international bekannt und als Konzertorgel sehr geschätzt.
Nach 30 Jahren wurde durch Störungen der Taschenladen und des Spieltisches eine durchgreifende Reparatur unumgänglich und die Gemeinde entschloss sich 1967-68, eine Chororgel mit 8 Registern am Ende der linken Seitenempore durch die Firma „Stephan Orgelbau“ aufzustellen. Die Firma Eisenschmidt, Andechs, lieferte einen neuen Spieltisch. Die mit dem Einbau der Chororgel bewirkte Veränderung der Architektur und die Modifikation im Registerbestand (u. a. durch drei neue Mixturen) störte die Balance des Raumes und die Einheitlichkeit des Instrumentes erheblich. 1983-85 wurde daher eine Restaurierung durch Georg Jann, Allkofen, vorgenommen. Hierdurch konnte die einheitliche Mensurgestaltung maßgeblich wieder hergestellt werden.
Im Spieltisch befinden sich 4 Manuale mit 43 „klingenden“ Registern, da „bestimmte Bereiche der Pfeifen“ auf andere Register übertragen wurden (Transmission - siehe Disposition). Der Spieltisch besitzt 8 Setzer-, 2 freie Kombinationen und zwei freie Pedalkombinationen, Tutti, Crescendo, Crescendo ab, Taschenladen, elektropneumatische Traktur, 4 Manualkoppeln, 4 Pedalkoppeln, 7 Oberoktavkoppeln, 2 Unteroktavkoppeln sowie eine elektropneumatische (nicht mechanische) Traktur (Verbindung von Taste zu Pfeife). Die Disposition (Anordnung der Register) wurde 1968 und 1990 leicht verändert. Die Orgel gehört heute zu den wenigen Instrumenten der 1930er Jahre, die als klangliche Rarität der Übergangszeit von der Romantik zum Neobarock Erwähnung finden.
Walcker-Orgel von 1990-Opus 2432, erbaut 1935: I.Manual C-a3: Quintatön 16‘ - Prinzipal 8‘ - Gemshorn 8‘ - Bordun 8‘ - Prinzipal 4‘ - Rohrflöte 8‘ - Quinte 2 2/3‘ - Octave 2‘ - Mixtur 4-5fach - Zymbel 3fach - Trompete 8‘ / II.Manual C-a3: Schwellwerk - Hornprinzipal 8´ - Quintade 8´ - Gedackt 8´ - Salizional 8´ - Prinzipal 8´ - Nachthorn 4´ - Schwiegel 2 - Terz 1 3/5´ - Quinte 1 1/3´ - Scharff 4fach - Krummhorn 8´ / III. Manual C-a3: Gedackt 16` - Geigenprinzipal 8` - Rohrgedackt 8´ - Aeoline 8´ - Vox coelestis 8´ - Ital. Principal 4´ - Spitzflöte Quintflöte 2 2/3´ - Waldflöte 2´ - Sifflöte 1´ - Mixtur 3-4fach - Trompete 8´ - Schalmei 4´ - Schwebung / IV. Manual C-a3 (2 von 8 Registern der ursprünglichen Chororgel): Echobordun 8´ - Vox Humana 8´ - Schwebung / Pedal C-f 1: Untersatz 32‘ (Transmission aus Subbaß 16‘) - Prinzipalbaß 16‘ - Subbaß 16‘ - Sanftbaß 16‘ (Transmission aus III) - Octavbaß 8‘ - Gedacktbaß 8‘ (Transmission aus III) - Choralbaß 8‘ (Transmission aus III) - Baßflöte 2‘ (Transmission aus III) - Rauschpfeife 4fach - Posaune 16‘ - Horn 8‘ (Transmission aus III) - Schalmei 4‘ (Transmission aus III) - Oboe 8´ - Schwebung / Koppeln: (Manual) II-I, III-I,III-II,IV-II / Koppeln (Pedal) I-P,II-P, III-P, IV-P / Oberoktavkoppeln II-I, III-I, III-II, II, III, III-P,IV-P / Unteroktavkoppeln III-I,III
Der Kirchenkreis hat 2021 mit den Dokumentarfilmern Calle Overweg und Michael Weihrauch eine Kurzfilmreihe zu den Orgeln des Kirchenkreises produziert. Der damalige Kantor Friedrich-Wilhelm Schulze präsentierte dabei die E.F.Walcker-Orgel (III/45) von 1935 in der Martin-Luther-Gedächtniskirche. Er berichtet über die unrühmliche Rolle der Orgel im Nationalsozialismus und distanziert sich musikalisch: Es erklingt die A-Dur-Sonate op. 65 des von den Nazis verachteten Komponisten Felix Mendelssohn Bartholdy.